فعالیت های طالقانی گسترده و متنوع است. وی از تمامی فرصت هایی که گمان می برد، به افزایش آگاهی جوانان و بهبود بینش و نگاه آنان نسبت به اسلام کمک می کند، بهره می برد.

در سال 1320 که رضا خان تبعید شد و فضای سیاسی آزادی خوبی یافت، طالقانی با همکاری یکی از فرهنگیان، کانون اسلام را بنیان نهاد که از جمله اعضای اصلی آن مهندس مهدی بازرگان، دکتر یدالله سحابی، حجت الاسلام عبدالحسین ابن الدین و علی اردلان بودند. در این کانون، مباحث دینی و علمی مطرح می شد. طالقانی تفسیر قرآن می گفت و بازرگان بحث علمی مطهرات در اسلام را مطرح می کرد. مجله دانش آموز نیز از سوی کانون منتشر می شد و افزون بر آن، کلاس های درس و انجمن های خیریه، برای کمک به فقرا در زمان جنگ نیز دایر شده بود.

طالقانی افزون بر جلسات کانون اسلام، در انجمن اسلامی دانشجویان نیز شرکت داشت. انگیزه اصلی وی از شرکت در این انجمن، برداشتن دیوار جدایی میان دانشجویان و طلاب علوم دینی بود. وی بیشترین ارتباط را با جوانان برقرار می کرد و بر این عقیده بود که باید قرآن را وارد زندگی و جامعه کرد. این انجمن، همچنین برای مقابله با تبلیغ زیاد توده ای ها و بهایی ها در میان دانشجویان تشکیل گردید و اهداف آن عبارت بود از: اصلاح جامعه بر طبق دستورات اسلام، کوشش در ایجاد دوستی و اتحاد بین افراد مسلمان، مخصوصاً جوانان روشنفکر، انتشار حقایق اسلام به وسیله ایجاد موءسسات تبلیغاتی و نشر مطبوعات و مبارزه با خرافات. این انجمن از وعاظ و اساتید و نویسندگان دعوت به همکاری می کرد و طالقانی از جمله این افراد بود.

از مراکز دیگری که طالقانی با جوانان و دانشجویان ارتباط برقرار می ساخت، مدرسه سپهسالار (شهید مطهری کنونی) بود که محل برخورد دو دسته دانشجویان رشته های علوم قدیم و جدید در تهران بود. طالقانی روی یکی از سکوهای نزدیک کتابخانه مدرسه و دانشکده معقول و منقول که محل تراکم رفت و آمد دانشجویان و اهل علم بود می نشست و جوانان دور او جمع شده، از او سوال می کردند و او با تکیه بر آیات قرآن، مناسب با مسائل روز، به آنها پاسخ می گفت.

تحولی که طالقانی در مساجد ایجاد کرد، مثال زدنی است. وی درب مساجد را به روی جوانان تحصیل کرده و دانشجو باز کرد. مسجد هدایت که طالقانی در آن فعالیت می کرد، پایگاه جوانان و دانشجویان و نخستین مرکز هدایت جوانان و روشنفکران به حساب می آمد. طالقانی علت پایه گذاری مسجد را روشنگری جوانان با قرآن، اسلام اصیل و آشنا کردن جوانان با سرچشمه، منبع و اصل دین (قرآن و سنت پیامبر و ائمه هدی) می داند. وی سخنرانان غیر روحانی را به مسجد کشاند و خود پای سخنرانی آنان می نشست.

دانشسرای تعلیمات دینی، با هدف تربیت معلم تعلیمات دینی برای مدارس که به اهتمام دکتر سحابی تاسیس شد، انجمن اسلامی معلمان، انجمن ماهانه دینی(1341 - 1339) که مورد توجه فراوان واقع شده بود، از دیگر مراکزی بود که طالقانی در آنها فعالیت می کرد.

مطهری معتقد است: «پایه گذار آشنایی نسل جوان با اسلام، نه من هستم و نه شریعتی، بلکه طالقانی و بازرگان هستند که این راه را باز کردند و ما بعدها به دنبال آنها حرکت کردیم».(ص67)

آیت الله طالقانی، افزون بر حساسیت نسبت به امور معنوی جامعه، به ویژه جوانان، به وقایع سیاسی و اجتماعی ایران و جهان اسلام نیز اهمیت می داد؛ برای مثال، واکنش طالقانی در برابر قضیه آذربایجان به گونه ای بود که به آنجا رفت و نمایندگان ملت و قوای ارتش را برای مقابله با دموکرات ها تشویق می کرد. گزارش مشاهدات سفر او در مجله آئین اسلام، با عنوان «مشاهدات من در آذربایجان» به چاپ رسیده است. این سفر اهتمام طالقانی برای آگاهی بخشی به جوانان و دانشجویان مسلمان را بیشتر کرد.

طالقانی علاوه بر فعالیت های داخلی، در قبال مسائل خارجی ایران نیز واکنش نشان می داد. وی عضو هیئت مدیره جمعیت اتحادیه مسلمین ایران بود که در مسائل سیاسی و اجتماعی کشورهای اسلامی اعلام نظر می کرد؛ برای مثال از استقلال و آزادی کشمیر، الجزایر و فلسطین حمایت کرد. وی در سال 1331 به نمایندگی از ایران در کنگره ملت های مسلمان در کراچی شرکت کرد و در سال 1338و 1340 همراه هیئتی دیگر، در کنگره عمومی اسلامی در بیت المقدس حضور یافت و با در دست داشتن ریاست جلسه ششم، از ضرورت اتحاد کشورهای اسلامی و خطر استعمار و صهیونیسم سخن گفت. وی بارها در برابر حوادث فسلطین، الجزایر و مصر موضع گرفت.

با تأسیس نهضت آزادی ایران، طالقانی نیز با دعوت موءسسان حزب به آنان پیوست. از نظر او ضرورت تأسیس چنین احزابی این بود که با رواج هر چه بیشتر افکار و ایدئولوژی های اجتماعی، عناوین نژادی و سنن عاطفی و ملی ضعیف تر می شود و جوامع به تشکل های مبتنی بر عقیده و نظر احتیاج بیشتری می یابند. او تا سال 1357 عضو این نهضت بود.

طالقانی حتی در زندان نیز بیکار نبود و برای زندانیان تفسیر قرآن می گفت. او بخش هایی از کتاب «پرتوی از قرآن» را در زندان نوشت. نماز جماعت اقامه می کرد و نماز عید فطر را باشکوه، همراه سخنرانی برپا داشت. در ایام محرم نیز جلسات سخنرانی و سینه زنی برپا می کرد. وی همچنین با وجود حضور برخی اعضای حزب توده در زندان، تریبون آزاد گذاشته بود تا افراد حرف های خود را به طور مستدل بزنند.

طالقانی پس از وقوع انقلاب اسلامی ایران نیز اقداماتی داشت که از جمله آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد: برپا کننده راهپیمایی تاسوعا و عاشورا، رئیس شورای انقلاب، بنیادگذار نماز جمعه در ایران، نخستین امام جمعه تهران، مبتکر مجلس خبرگان قانون اساسی، نماینده اول مردم تهران در مجلس خبرگان و طراح شوراهای مردمی.

آیت الله طالقانی سه مسئولیت رسمی به عهده گرفت: عضویت در شورای انقلاب، امامت جمعه تهران و عضویت در مجلس بررسی نهایی قانون اساسی جمهوری اسلامی. پس از گذشت شش ماه از انقلاب، وی به امام خمینی پیشنهاد کرد که نماز جمعه در ایران برگزار شود. او مکان نماز جمعه را دانشگاه تهران انتخاب کرد، تا از این رهگذر، نمازگزاران را به دانشگاه بکشاند و دانشگاهیان را به صف نماز بیاورد.

سرانجام طالقانی در بامداد نوزده شهریور 1358 دار فانی را وداع گفت. امام خمینی در پیامی که به مناسبت درگذشت وی فرستاد، چنین گفت: «... او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود. زبان گویای او، چون شمشیر مالک اشتر برنده بود و کوبنده، مرگ او زودرس بود و عمر او با برکت....».